1.抵扣進項不同：一般納稅人可以抵扣進項稅額，小規模納稅人不得抵扣進項稅額。
2.稅率不同：一般納稅人使用的是稅率，稅率分別是13%、9%、6%以及0。小規模納稅人使用的是征收率，法定征收率3%；特殊征收率5%。
3.發展方向不同：小規模納稅人可以轉為一般納稅人，一般納稅人不得轉為小規模納稅人。
4.增值稅計算方式不同：一般納稅人當期應交增值稅稅額=當期銷項稅額-當期進項稅額，小規模納稅人當期應交增值稅額=當期不含稅銷售額×征收率。
5.銷售額控制不同：小規模納稅人連續12個月銷售額不能超過最高額度，超過后應轉為一般納稅人；一般納稅人的銷售額沒有限額。
6.開具增值稅發票不同：部分小規模納稅人不能開具增值稅專用發票或月銷售額超過3萬才能開具專票；一般納稅人可以開具增值稅專用發票；